实现了云南离褶伞Lyophyllum sp.、毡毛栓孔菌Trametes velutina、柄生波斯特孔菌Postia stiptica、刺孢地花Bondarzewia sp.等9个新种类的基本驯化栽培，为食用菌种类多样化生产提供了技术储备。培育出市场多样化需求的侧耳属褐色新菌株2个及适合工厂化栽培菌株2个；培育适合工厂化栽培、芽菇期采收的黄色金针菇新品种1个、与引自日本的主栽品种综合性状和产量性状相当的工厂化白色品种1个，均已完成中试。

建立菌种质量控制的“种源维护→母种筛选→良种良繁”的“三步法”技术体系，成功为企业解决金针菇工厂化生产的菌种退化问题，并定期向企业提供维护好的种源平板，摆脱了对日本公司的依赖。这一技术在农发栽培种类香菇菌种上应用，发菌快7-15天，增产15.3-25%，优质菇率提高22%。这一技术基本解决了我国菌种混乱、菌种老化退化、菌种质量参差不齐的问题，为专业化菌棒制作提供了菌种质量的技术保证。这一技术在河北、河南、湖北、贵州、山西、陕西等香菇产区迅速推广。

随着生物技术、组学技术、生物信息学技术的快速发展，食用菌生理与遗传相结合的研究进展明显加快，为食用菌栽培和新品种选育提供了更多的科学依据和技术途径。目前食用菌遗传学研究和遗传操作平台基本建立，大宗栽培种类的香菇、平菇、金针菇，珍稀种类的白灵菇等遗传转化体系已经建立，基因过表达、沉默等方法基本建立。将遗传学研究用生理学指标和性状表达进行验证，将品质形成的生理代谢途径追踪到遗传调控机制。特别是有更多青年学者，越来越重视将生理与遗传紧密结合的研究与分析，极大促进了科学研究的深入。但是，多年生理研究的薄弱，现有生理学研究远远不能满足优质生产的需要。不同基质与营养、不同栽培技术、不同环境对食用菌品质和产量的影响机制尚缺乏系统的研究。

这主要体现在3个方面。一是液体菌种的生产技术不断成熟。随着产业规模扩大和菌棒专业化生产的迅速扩大，液体菌种生产技术不断进步，日臻完善，已经在黑木耳、杏鲍菇、长根菇、大球盖菇、巴氏蘑菇中成功应用。液体菌种有效降低了栽培生产的成本和周期，提高专业化生产水平的同时，提高生产效益。二是黑木耳延长出耳期增产技术。临时覆盖和吊袋棚栽技术日趋成熟，将地摆栽培搬进大棚，人为创造适宜木耳生长的温、光、水、气等条件，延长黑木耳出耳期，平均产量提高10%，质量（洁净度、整齐度）提高15%，价格提高18-20%，同时，免受周边环境药害，有效保证了质量安全。三是提出基于物联网技术的食用菌生长控制系统，为工厂化菇房环境的人工控制提供了技术储备。